علامه طباطبایی به عنوان یکی از اندیشمندان معاصر جهان اسلام در ترسیم هندسه معرفتی اسلام جایگاه ویژهای برای «آزادی اندیشه» قائل است. این پژوهش بر آن است تا هندسه معرفتی پیشگفته را مورد بازنگری قرار داده و زیرساختهای آزادی اندیشه را از نظر وی بیابد. بر باور علامه، آزادی اندیشه در اسلام بر دو زیرساخت «نهاد جمعی اسلام» و «فطری بودن اسلام» بنا شده است. علامه اساس اسلام را تحفظ بر اصول برشمرده، آزادی اندیشه را با عنایت به نهاد جمعی دین مورد تایید اسلام دانسته است. از نظر علامه اجتهاد و تفکر جمعی زمینهای برای رسیدن به آزادی اندیشه است و در موارد بروز شبهه، عرضه به کتاب و سنت به عنوان راه حل معرفی شده است. هماهنگی اسلام با فطرت انسان‌ها از دیگر زیرساختهای آزادی اندیشه از منظر علامه طباطبایی است. اسلام با دعوت به تبعیت از حقیقت، زمینه یگانگی و اتحاد را در میان انسان‌های گوناگون فراهم کرده و نسبت به عوامل اختلافآفرین به نحو مناسبی راهکار ارائه نموده است.
)